平成14（2002）年４月の財団法人大阪府博物館協会との統合は、当センターにとってひとつの転機となりました。大阪府立弥生文化博物館と近つ飛鳥風土記の丘を含む近つ飛鳥博物館の管理委託を引き継ぎ、日本民家集落博物館を当センターの直営館とすることにより、博物館管理運営事業を本格的に開始しました。
平成18（2006）年度以降、大阪府は府立博物館２館に指定管理者制度を導入し、当センターが公募のうえ選定されたことから、それまでは管理部門のみでしたが、学芸部門を含む総合的な運営を行うことになりました。様々な趣向を凝らしながら、多くの来館をいただき長らく両博物館を盛り上げてきましたが、調査部門の体制整備を図るため、令和４（2022）年度末をもって指定管理期間を満了しました。
日本民家集落博物館
日本民家集落博物館については、所有する古民家の定期的なメンテナンス費用など課題が山積みですが、日本初の野外博物館として、また全国各地の貴重な江戸時代の民家を保存する施設として、守り続け、広く府民をはじめとする方々に民家の価値を発見する機会としたいと思います。
歴史館いずみさの
泉佐野市立歴史館いずみさのは、平成28（2016）年度から指定管理を行なっています。地域に根ざした様々な資料を扱う歴史博物館として、泉佐野市の歴史教育に貢献したいと思います。